三联体亲子鉴定和二联体亲子鉴定都属于DNA亲缘关系鉴定技术的范畴，它们在鉴定目的、原理、方法、准确性等方面存在一些差异。

鉴定目的不同

二联体亲子鉴定主要用于父母与孩子之间的亲缘关系鉴定，其结果只能确定是否为亲子关系。而三联体亲子鉴定则可以同时确认孩子的父母双方，也就是说三联体亲子鉴定可以同时确定亲子关系和父母关系。

原理不同

二联体亲子鉴定采用了两个基因座进行测试，分别是核酸多态性位点（short tandem repeat，STR）和性别决定基因Y染色体（Y-STR）或性别染色体X染色体（X-STR），通过检测基因片段数量及其大小比较，判断亲子关系的真实性。

三联体亲子鉴定采用的是三个基因座进行测定，其中除了STR外，还包括了母系遗传基因线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA），可以用来确定孩子的母系来源。通过将这三种不同类型的基因进行比较，可以更加准确地确定孩子与父母之间的亲缘关系。

方法不同